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微生物多样性分析
        
        环境微生物多样性检测,是以样品中的微生物群落作为整体进行研究,通过对核糖体RNA高变区域(如:16S / 18S / ITS等序列)或功能基因(如:古菌的氨氧化基因等)进行PCR扩增和测序,然后分析相应环境下微生物群落的多样性和分布规律,对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源利用有着重要的理论和现实意义。


       
        克隆文库分析:      
        PCR方法扩增特定环境样品中细菌16S rDNA或真菌18S rDNA/ITS,使用TA克隆方法构建克隆文库,挑选阳性克隆测定基因序列,并与GenBank中已知序列进行同源性比较,获得特定环境中的微生物群落结构和多样性信息。
 
        T-RFLP末端限制性酶切片段分析:
        PCR方法扩增特定环境样品中细菌16S rDNA或真菌18S rDNA/ITS,采用T-RFLP限制性内切酶对扩增产物进行限制性酶切,利用DNA分析仪分析末端限制性酶切片段,获得末端限制性酶切片段长度,峰高及面积等信息,PAT数据库分析比对获得特定环境中的微生物群落结构及多样性信息。

 

 
       DGGE变性梯度凝胶电泳分析:
       PCR方法扩增特定环境样品中细菌16S rDNA或真菌18S rDNA/ITS,通过变性梯度凝胶电泳分析环境样品中微生物菌群落结构;将凝胶电泳条带回收后克隆测序,确定微生物种属关系,获得特定样品中的微生物多样性信息。

 

        高通量测序MiSeq分析:
       采用第二代高通量测序平台MiSeq,对核糖体RNA高变区域,比如16S rDNA/18S rDNA/ITS等序列,或功能基因,比如细菌和古菌的氨氧化酶基因进行测序,揭示环境样品中众多不同类型微生物种属关系,获得特定样本中的微生物多样性信息。

 

 

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